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SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時代”!
時間：
2024-03-14
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⾃2023年(nián)9月上市以來，SURFSeq 5000高(gāo)通量基因測序儀憑借“應用場景多、測序速度快、數據質量好、運行成本省”的(de)産品優勢和(hé)穩定的(de)性能表現快速獲得了臨床診斷、分子(zǐ)育種、基礎科研等多領域用戶的(de)高(gāo)度認可(kě)。


在“多、快、好、省”中，“數據質量好”是重中之重，SURFSeq  5000 V1.0全系測序試劑盒（FCM、FCH）現均已支持Balanced+Enhanced雙模式Q40(≥85%/≥90%)高(gāo)質量數據輸出。



SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時代”!


Enhanced模式下，與市面其他Q40測序産品相比，SURFSeq 5000整體測序錯誤率減少60%以 上，低(dī)至0.05%級别，強力開啓測序錯誤率的(de)"萬五時代"。



01

雙模式Q40高(gāo)質量數據輸出

SURFSeq 5000為(wèi)用戶提供Balanced Mode(BM,均衡模式)和(hé)Enhanced Mode(EM,增強模式)兩大Q40測序模式。

• 在Balanced Mode下，SURFSeq 5000可(kě)實現≥90% bases≥Q30，≥85% bases≥Q40。

• 在Enhanced Mode下，SURFSeq 5000可(kě)實現≥95% bases≥Q30，≥90% bases≥Q40。


SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時代”!

*Q30/Q40%基于真邁⽣物企業标準品文庫多輪測試結果的(de)中位數值設定，該數值受到樣本狀态、⽂庫質量和(hé)定量準确性等因素的(de)影響而發生變化。


SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時代”!

• Balanced Mode是平衡數據質量和(hé)芯片利用率的(de)最優解。在該模式下，我們統計了近3個⽉，SURFSeq 5000FCH芯片7大類應用方向共116輪的(de)測試數據。其中100輪Balanced Mode PE150測序數據的(de)Q30、Q40均值達分别達到了95.1%和(hé)91.3%，Output reads均值達到了2500M reads(官标2000M reads)。


• 全新的(de)Enhanced Mode在Balanced Mode的(de)基礎上，加入了基于機器學(xué)習構建的(de)序列特征模型等多維信息，全新的(de)“3D Basecall”可(kě)更全面的(de)識别測序過程中的(de)“問題序列區域”，并更準确地(dì)進行堿基識别和(hé)Q值打分。統計16輪Enhanced Mode下WGS PE150測序數據，Q30、Q40均值達分别達到了97.1%和(hé)95.2%，Output reads均值達到了2350M reads。


SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時代”!

*在數據産量Output reads方面，Enhanced Mode相比Balanced Mode會有5%±2%水平的(de)降低(dī)(該差異水平依據為(wèi)“對相同原始圖像分别使用兩種模式下basecall算法獲得的(de)數據差值”)，降低(dī)比例受到樣本狀态、文庫構建方式及質量和(hé)文庫定量精準度等因素影響。



02

SURFSeq 5000 開啓"萬五時代"

SURFSeq 5000為(wèi)雙芯片平台，并⽀持異步滾動上機和(hé)分lane樣本加載功能。如(rú)下表所示，我們采用了雙FCH芯片在同⼀台機器上同時開展Enhanced Mode和(hé)Balanced Mode測試。其中Lane1、Lane2加載E.coli全基因組文庫樣本(PCR-plus)，Lane3、Lane4加載GIAB HG001人全基因組⽂庫樣本(PCR-plus)。



SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時代”!

*GIAB HG001測序錯誤率使⽤BWA MEM對比至GRCh37參考基因組(NIST V4.2.1)計算獲得，因受參考基因組質量及對比軟件性能影響，HG001測序錯誤率數值中包含了較高(gāo)比例的(de)序列比對錯誤(非測序錯誤)。



SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時代”!

如(rú)上圖所示，Enhanced Mode下,PE150測序數據整體錯誤率相比Balanced Mode下降了50～60%，低(dī)至0.05%級别。Q30 /Q40 均值高(gāo)達97.6%/96.0%。




03

Q值打分體系精準性評估

使用Q/Q圖對SURFSeq 5000 Q值打分體系精準性進行評估，Balanced Mode和(hé)Enhanced Mode雙模式下Predicted Q Score(x)和(hé)Observed Q Score(y)均展現出優秀的(de)⼀緻性。




SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時代”!



SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時代”!

上圖展示了目前部分主流測序平台測序整體錯誤率表現情況，其中SURFSeq 5000 Balanced Mode與NovaSeq X(Q40升級後) 表現相當。在Enhanced Mode下，SURFSeq 5000整體測序錯誤率下降60%以上，低(dī)至0.05%級别，強力開啓測序錯誤率的(de)“萬五時代”。


SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時代”!

*基于E.coli進行計算 

▲基于NovaSeq X Software V1.2 Q40升級版本測試


SURFSeq 5000 Balanced Mode(≥85%Q40)和(hé)Enhanced Mode(≥90% Q40)為(wèi)用戶提供了更多選擇。“萬五時代”将快速推動以“超低(dī)頻突變精準檢出”為(wèi)代表的(de)應用進入發展快車道(dào)，真邁生物期待與各領域合作夥伴在“萬五時代”⼀同探索基因測序技術的(de)無限可(kě)能。




04

雙模式Demo數據下載

如(rú)需獲取SURFSeq 5000雙模Q40 Demo數據，可(kě)關注“真邁生物”官方公衆号，并在對話框回複關鍵詞“萬五時代”獲取下載鏈接。


關于測序數據錯誤率計算的(de)補充說明







SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時代”!

如(rú)上表所示，Q40對應的(de)測序錯誤率在0.01%級别，但在應用端投入分析流程的(de)是包含了Q40在內(nèi)的(de)所有Q值堿基(例如(rú)Q0~40)的(de)測序數據，所以測序數據錯誤率是基于各Q值堿基錯誤率及依據堿基占比加權計算得出。計算公式如(rú)下:

Error rate=Q1error×Q1%+Q2error×Q2%+.......+Q40error×Q40%

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